Misi MTsN 1 Lamongan Filial Sumberbanjar adalah menyelenggarakan pendidikan yang terpadu antara ilmu keislaman, pengetahuan umum, dan teknologi. Madrasah ini berkomitmen dalam pembelajaran tahsin dan tahfizh Al-Qur’an, serta Bahasa Arab dan Inggris secara berkesinambungan. Selain itu, madrasah membentuk karakter santri agar beradab dan berakhlak Islami, serta membiasakan hidup mandiri, sederhana, dan disiplin.

Lingkungan pendidikan diciptakan agar sehat, bersih, tertib, dan nyaman. MTsN juga menanamkan budaya hidup bersih, sehat, dan cinta lingkungan, sekaligus mengembangkan keterampilan hidup mandiri. Potensi peserta didik digali dan dikembangkan secara optimal, serta dibangun kemitraan dengan dunia usaha dan masyarakat untuk meningkatkan kualitas madrasah yang berwawasan lingkungan.