MTsN 3 Lamongan Filial Sumberbanjar berdiri sebagai wujud nyata dari semangat dakwah dan kepedulian terhadap kondisi keislaman masyarakat Bluluk yang dikenal sebagai daerah abangan. Gagasan mendirikan madrasah ini dipelopori oleh Bapak Fatkhur Rohman, M.A, seorang guru MIN Sumberbanjar, yang prihatin atas minimnya pemahaman agama serta budaya lokal yang kurang selaras dengan nilai-nilai Islam. Keadaan sosial dan ekonomi masyarakat yang sederhana, di mana entung dan belalang menjadi menu konsumsi harian, turut memperkuat niat luhur ini.
Sejarah pendirian madrasah ini tidak lepas dari kiprah awal Mbah Kyai Kasmad yang mendirikan MI Matla’ul Anwar. Namun demi memperkuat eksistensi pendidikan Islam, MI tersebut kemudian dinegerikan menjadi MIN Sumberbanjar pada tahun 1997. Sayangnya, banyak lulusan MIN yang setelah lulus justru terkontaminasi lingkungan luar karena tidak ada madrasah lanjutan yang mampu menjaga semangat keislaman mereka. Inilah yang kemudian mendorong pendirian madrasah tingkat menengah pertama (MTs) sebagai pendidikan lanjutan.
Pada tahun 2008, datang peluang emas berupa program kemitraan antara Departemen Agama RI dan AIBEP Australia yang menawarkan bantuan hibah pendirian pendidikan satu atap. Melalui usaha spiritual dan material, serta dukungan berbagai tokoh seperti Bapak Djayusman selaku pemilik lahan, dan Bapak Suntono selaku kepala MIN, akhirnya diperoleh lahan yang cukup dan legalitas berupa sertifikat hak pakai diterbitkan pada tahun 2009.
Pembangunan madrasah dimulai tahun 2009 dan rampung pada April 2010. Sarana prasarana yang dibangun mencakup ruang belajar, laboratorium IPA, perpustakaan, ruang guru, ruang kepala madrasah, UKS, gudang, dan toilet. Semuanya dibangun melalui semangat gotong royong masyarakat sekitar. MTs Satu Atap Sumberbanjar mulai beroperasi pada tahun pelajaran 2010/2011 dengan 36 siswa. Tahun berikutnya, jumlah siswa melonjak menjadi 76 siswa, hingga mencapai 187 siswa pada tahun pelajaran 2015/2016.
Kunci sukses pembangunan madrasah ini tak lepas dari kerja keras Tim Komite Pembangunan Madrasah (KPM) yang diketuai Bapak Suntono, S.Ag, dengan sekretaris Bapak Fatkhur Rohman, M.A, serta peran Tim Teknis yang diketuai oleh Bapak Imam Efendi, SE. Sejak awal berdirinya, MTsN 3 Lamongan Filial Sumberbanjar hadir sebagai pilar pendidikan Islam yang menjawab tantangan zaman sekaligus membentuk generasi Qurani yang berdaya saing dalam IPTEK dan kokoh dalam IMTAQ.